新办法降低高新技术企业准入门槛的同时，加强了监管力度，对于企业而言，由于受研发项目、技术产品（服务）先进性、财税核算基础以及内部监管体系等诸多因素影响，可能导致高新技术企业资格认定被拒、补缴税款及取消资格的风险。

（一） 研发项目不合规导致资格认定无法通过的风险。

目前，新办法配套的工作指引尚未出台，原高新技术认定办法的工作指引《国科发（2008）362号》（以下简称362号文）对研发活动、研发项目的确认以及其他指标如核心自主知识产权、科研人员、销售收入等有着明确严格的规定。

一般来说，新办法的工作指引变化不会太大。参照原办法的工作指引，如果企业申请资格认定时，研发活动不是国家重点支持的高新技术领域内，或者其他内容任何一项指标不达标，都有可能面临着高新资格认定未通过的风险。

（二） 指标核算口径不规范引发监管风险。

企业对高新认定各项指标理解各异，指标计算容易出现偏差，导致各项指标不能准确反映高新技术企业的研发收入及费用比例状况。

如新办法第六条规定：近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%。根据国家税务总局关于发布《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类，2014年版）》的公告、国家税务总局公告2014年第63号（以下简称63号公告）中的A107041《高新技术企业优惠情况及明细表》填报说明规定：企业同期总收入应为为税法第六条规定的收入总额。包括：销售货物收入，提供劳务收入，转让财产收入，股息、红利等权益性投资收益，利息收入，租金收入，特许权使用费收入，接受捐赠收入，其他收入。但部分企业认为总收入仅为主营业务收入和其他业务收入之和，直接导致的后果就是收入比例计算虚高，虽顺利通过了高新资格认定，未来也面临着严格的高新技术企业复核和稽查风险。

（三） 研发支出加计扣除依据不足存在补缴税款风险。

财政部、国家税务总局《关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税（2015）119号文，以下简称119号文）及国家税务总局《关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第97号，以下简称97号公告）中明确规定了可加计扣除的研发费用。但仍有企业由于不熟悉政策，存在研发支出归集不合理，加计扣除依据不足的现象。如97号公告规定，企业从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产，同时从事或用于非研发活动的，应对其人员活动及仪器设备、无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。实践中企业自由调整空间较大，一旦被稽查机关认定共用仪器设备或无形资产分配方法不合理或扣除依据不足，则可能面临补缴税款及滞纳金的风险。

（四） 备案程序不合规或被取消高新技术企业资格。

新办法规定企业获得高新技术企业资格后，应每年4月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表，同时规定累计两年未填报年度发展情况报表的将被取消高新技术企业资格，因此企业在取得高新技术企业资格之后，应于每年4月底及时在网上填报年度发展情况表，否则超过两年未填报就会被取消高新技术企业资格。